Все стандартно, заходим в НСИ и администрирование — Удаление помеченных объектов
В открывшимся окне ставим галочку, заблокировать всю работу в программе и ускорить удаление
И нажимаем далее
Удаление пройдет быстрее раз в 10.
Как быстро удалить помеченные на удаление документы в 1С (на примере УТ)